O Museu Nacional da Arqueologia faz parte de uma extensão do Mosteiro dos Jerónimos, ele fica na ala ocidental do mosteiro, uma zona antiga do dormitório dos monges.
O Museu Nacional da Arqueologia possui duas exposições permanentes, que são as Antiguidades Egípcias, com peças que possuem mais de mil anos de história, a outra exposição permanente é o Tesouro da Arqueologia Portuguesa.
A sala do tesouro possui diversas peças de várias partes de Portugal. Bem na entrada do museu você encontrará uma estátua de granito, que possui mais de 2 metros de altura. Como também você verá várias peças do período da Idade do Bronze e a do Ferro.
O museu também possui uma coleção de mosaicos romanos em seu museu, onde boa parte saiu do sul de Portugal. Além das exposições permanentes, o museu também organiza várias mostras temporárias com uma grande diversidade de temas.